La idea de recuperar el espacio que abarca el complejo de San Juan del Hospital en Valencia partió del deseo de restaurar y rehabilitar un conjunto de edificaciones y restos arqueológicos enclavados en un contexto peculiar y prácticamente único.
El Conjunto de San Juan del Hospital permaneció en el olvido durante muchos años, sin mantenimiento y casi desapareciendo como concepto establecido y determinado por los estatutos de una fundación centenaria, la de la orden hospitalaria de San Juan de Jerusalén, y con unos planteamientos de obra tan funcionales como los que actualmente se podrían plantear.
Todo y que ningún texto histórico habla concretamente de un Conjunto Hospitalario sometido a unas normas estrictas fundacionales y constructivas, la comisión histórico-artística de la iglesia de San Juan del Hospital ha podido constatar que así era. Se han realizado investigaciones en los Archivos nacionales, en los de la Soberana Orden de Malta, en su sede de Roma y los de la Real Biblioteca de la República de la isla de Malta. Así mismo se han estudiado y recreado planteamientos de intervención, con visitas a edificaciones de órdenes militares y hospitalarias. Por otra parte, los alumnos de la Escuela de Arquitectura de la Universidad Politécnica de Valencia han realizado excelentes trabajos de morfología constructiva y recreación en 3D antes de reintegrar las piezas desmontadas o derruidas a su lugar.
En el año 1964 el recinto de San Juan del Hospital se hallaba encubierto exteriormente por construcciones adosadas, e interiormente por el recubrimiento neoclásico que desde principios del siglo XVIII ocultó su aspecto gótico. Tras la desamortización de las órdenes militares en 1850 y su traslado nominal como nueva parroquia al ensanche de la ciudad, fue olvidada y reutilizada para otros usos.
En 1943 la preocupación de los intelectuales valencianos ante su deterioro hizo que Don Elías Tormo solicitase su declaración como Monumento Histórico Artístico de carácter Nacional (B.O.E. de 10 de abril de 1943), cayendo posteriormente en el olvido. La nave central de la iglesia con las capillas laterales tapiadas se utilizaría como patio de butacas del cine SARE; en el presbiterio, tapando el altar mayor, se encontraba la pantalla. El patio sur de los arco-solios románicos desaparecía entre cobertizos añadidos. El proyecto de recuperar, en la medida de lo posible, su aspecto original comenzó en el año 1967 cuando la Prelatura del Opus Dei se hizo cargo del templo. Más recientemente, en el año 1999, dio inicio el “Plan Director del templo y dependencias anexas del entorno” bajo la dirección del arquitecto D. Vicente Lassala Bau.
La Fundación Conjunto de San Juan del Hospital y la Comisión Histórico-artística de la Iglesia tienen como objetivo la conservación de los hallazgos, la difusión científica y el ofrecimiento de un recorrido cultural y singular por un espacio del siglo XIII situado en pleno centro histórico de Valencia. Actualmente la preservación de los fondos del museo es un aspecto prioritario para la Fundación y motivo de petición de ayudas a los órganos competentes.
Publicaciones de la Comisión Histórica-artística de la Iglesia de San Juan del Hospital de Valencia:
| «San Juan del Hospital» | Autor: José Pellejero Ferrer |
| «San Juan del Hospital. Fundación del siglo XIII» | Autor: Fernando Llorca Díe |
| «Relación de la Orden de Malta con San Juan del Hospital de Valencia» | Autor: Luis Gascó Pascual |
| «Dos losas funerarias del siglo XIII» | Autor: Luís Corell Ruiz |
| «Iglesia de San Juan del Hospital de Valencia» | Autor: Martín Bravo Navarro |
| «Constanza Hohenstaufen, Emperatriz de Grecia» | Autor: Margarita Ordeig Corsini |
| «Guía-Catálogo del Recorrido del Museo» | Autores: Manuel Fernández Canet y Margarita Ordeig Corsini |
| «Cuatro monumentos en peligro de pérdida» | Autor: Elías Tormo Monzó |
| «La sepultura de los Almela en la iglesia de San Juan del Hospital de Valencia» | Autor: Manuel Esteve |
